阳明海运于10年前即投入环保船队规划与兴建，秉持环境保护优先的理念，与呼应货主对环保议题的关注，积极强化船舶效能管理与减少温室气体排放；截至2019年，阳明海运船队平均运送每只20尺货柜每公里的二氧化碳碳强度（Carbon Intensity），相较2008年大幅减少了51%，从99.4公克减为48.1公克，提前达成国际海事组织(IMO)2030年降低40%的目标，透过不间断之优化船舶设计，充分达到节能、减排的环保成效。

温室气体减量为因应气候变迁的重要议题，IMO亦制定日益严格之监管规定，在碳强度降低部分，IMO预计在2030及2050年将全球二氧化碳碳强度相对于2008年降低40%及70%；为此阳明海运建立了许多长期规划，包括进行12项船舶优化改善工程，加速汰除部分船龄超过20年之旧船并布建新船，包含10艘自有2,800 TEU级之节能、环保、低噪音、优异装载的智慧船与长租20艘14,000 TEU及14艘11,000 TEU级智能环保船，更与WNI气象导航公司合作，建立船队船期动态监控系统以管理燃油消耗，降低温室气体排放，另亦将更环保的双燃料动力系统（如：LNG（液化天然气））或零碳替代能源主机纳入未来使用评估。

此外，在硫氧化物排放方面，除2018年起提早在深圳及高雄码头使用低硫油外，阳明海运船队更在2019年第4季提前使用符合硫含量不超过0.5%之燃料，与以往使用的重质燃料油相比，硫氧化物的排放减少了80%以上。

同时，阳明海运更主动参与由美国国家海洋暨大气管理局（NOAA）及台湾港务公司各自制定主导的船舶减速计划，以保护海洋生态。